Cada igreja presbiteriana vinculada à Igreja Presbiteriana do Brasil (IPB) é governada por um Conselho constituído de presbíteros docentes (ministros da Palavra) e regentes. O cuidados dos necessitados e a ordem e manutenção da igreja são providenciados pelos diáconos (Junta Diaconal).
O Conselho da IPB Rio Preto tem o privilégio de contar com a consultoria espiritual e administrativa, sempre útil, de nossos presbíteros eméritos em disponibilidade, Moysés Prisco e Paulo de Carvalho.
A igreja é provida de uma Secretaria, a fim de atender membros e interessados, durante a semana, no horário comercial.